1. تأمین منابع و تضمین کیفیت فعالیتهای آزمایشگاهی به منظور حفظ و ارتقاء ایمنی فرآورده های غذایی، دارویی، بیولوژیک، آرایشی و بهداشتی، مکملها و فرآورده های طبیعی، ملزومات و تجهیزات پزشکی
  2. تقویت و توسعه فعالیت‌های آموزشی به منظور تربیت نیروی متخصص و کارآمد
  3. ایجاد یک نظام پاسخگو برای ارائه خدمات بهتر و افزایش رضایتمندی مشتری
  4. ایجاد شبکه یکپارچه مدیریت اطلاعات در آزمایشگاه های کنترل غذا و داروی کشور
  5. سیاست گذاری در جهت برون سپاری فعالیت های کنترلی به بخش خصوصی و ارتقاء آزمایشگاه‌های کنترل در سطح کشور
  6. تقویت و توسعه آزمایشگاه‌های مرجع و معاونت ها غذا و دارو مطابق الزامات سیستم‌های مدیریت کیفیت، ایمنی و استانداردهای بین المللی از جملهISO 17025  و الزامات WHO
  7.  و افزایش تفویض اختیار به معاونت‌های غذا و دارو سراسر کشور
  8. تقویت و توسعه نظام ارزیابی عملکرد و نظارت بر فعالیت‌های آزمایشگاه‌های همکار، مجاز، مجاز تولیدی و معاونت‌های غذا و دارو
  9. تقویت و توسعه ظرفیت‌های آزمایشگاهی به منظور افزایش تولیدات علمی و به روزآوری روش‌های کنترل کیفیت کارآمد و معتبر
  10. تعامل سازنده و مؤثر با مراجع معتبر علمی، نظارتی و تحقیقاتی منطقه‌ای و بین المللی در جهت ارتقاء علمی و فنی آزمایشگاه